Trabalhou ativamente para ajudar os necessitados, especialmente no cerco de Paris, em 1590, com a intervenção militar dos espanhóis, no reinado de Henrique IV. Foi dedicada filha da Igreja e participou da ação de oposição contra a heresia protestante que procurava se estender na França. Por essa época, Deus a favoreceu com extraordinárias graças místicas.
O rei Henrique IV baniu seu marido de Paris, após a derrota da Liga à qual pertencia. Essa ingratidão do rei lhe feriu o coração, mas, ela lutou para assegurar que o seu marido fosse reabilitado. Essa luta durou quatro anos, porém, no final desse período, sua família recuperou sua honra e as propriedades foram devolvidas.
A beata Maria da Encarnação conheceu são Francisco de Sales, que a apreciava muito e a tinha em grande conta e atuou como seu confessor e diretor espiritual. Em 1601, leu os escritos de santa Teresa de Jesus e passou a desejar, determinadamente, a fazer todo o possível para apresentar a reforma do Carmelo na França. Em 1602, surgiram as primeiras vocações. Ela obteve permissão do rei, e, em 1603, o papa Clemente VIII autorizou a primeira fundação que rapidamente foi concretizada.