São Rafael de São José, Kalinowski, nasceu em Vilna, na Polônia, no dia 1o. de setembro de 1835 e foi batizado com o nome de José, na igreja paroquial de São João, fundada pelos Padres Jesuítas, hoje transformada em museu da Universidade. Filho do casal André Kalinowski e Josefina Polonska, ambos nascidos em famílias nobres. Fez em casa seus primeiros estudos. Aos oito anos começou a estudar no Instituto para os Nobres, em Vilna, onde seu pai era professor e diretor.